Ông Huỳnh Ngọc Sĩ, giám đốc Ban quản lý dự án đại lộ Đông – Tây, đã bị tạm đình chỉ công tác[10][11][12] sau khi có các cáo buộc tham nhũng lên đến 2,5 triệu USD liên quan đến dự án này và lãnh đạo dự án Đại lộ Đông – Tây Thành phố Hồ Chí Minh đã được thay thế.[13] Quá trình điều tra chỉ xác nhận ông Sĩ có nhận hối lộ 80.000 $[cần dẫn nguồn] và gian lận việc cho ban dự án thuê nhà riêng để hưởng chênh lệch. Ngày 25/09/2009, Tòa án Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh kết án ông Sĩ 3 năm tù vì các gian lận nói trên.